Chromium

Séquençage cellule unique

La plateforme iGenSeq de l’Institut du Cerveau à Paris vous propose le séquençage de cellule unique, qui nous permet l’analyse ADN, ARN, et épigénome,  à l’échelle d’une seule cellule, grâce à l’optimisation de nos technologies de séquençage nouvelle génération.

 Chromium (10X Genomics)

iGenSeq a acquis le système Chromium de 10X Genomics , qui permet d’analyser le contenu transcriptomique ou épigénomique à l’échelle de la cellule unique. Cette méthode permet de déterminer par exemple l’hétérogénéité d’un tissu, c’est-à-dire la composition en différents types cellulaires, ou d’étudier l’état de différenciation d’une cellule, ou encore d’identifier des types cellulaires rares.

La technologie du Chromium se base sur l’encapsulation de chaque cellule dans une gouttelette lipidique (création d’une émulsion), permettant ainsi d’ajouter un identifiant unique à chaque cellule, appelé Cell Barcodes.

Single Cell Gene Expression – 10X Genomics

De plus, chaque transcrit d’une cellule est marqué par un identifiant moléculaire appelé UMI. Le transcriptome de cellules uniques permet donc d’avoir une description à haute résolution du contenu d’une cellule. En comparaison au séquençage de tissu entier, l’information apportée par l’identification de chaque cellule permet de les analyser individuellement et de les comparer.

La plateforme fournie ainsi des données analysées par l’outil Cell Ranger (10X Genomics), qui permet de visualiser des clusters de cellules, classées en fonction de leur matériel génétique exprimé.

Plusieurs applications sont possibles avec le Chromium : séquençage de cellules entières ou de noyaux, ATAC-Seq… La technologie consiste à séquencer l’extrémité 3’ des ARNm.

La plateforme iGenSeq prend en charge vos échantillons de cellules en suspension, réalise l’encapsulation et le barcoding, puis la préparation de librairies, le séquençage et l’analyse primaire des données.

Séquençage Technique Quantité Volume Contrôles qualité à faire par le client
Cellules uniques Single cell gene expression (10X Genomics) 1000-20000 cellules * 43,2 µl Comptage cellulaire

Viabilité cellulaire : 70% minimum

* Quantité de cellules en entrée, pour avoir 500 à 10 000 cellules analysées.