Séquençage ARN et épigénétique

La plateforme iGenSeq à Paris propose le séquençage d’ARN d’origine humaine, murine, végétale ou bactérienne. Grâce à l’expérience acquise depuis 2011 dans cette technique, une large gamme de préparations de librairies est disponible pour répondre à des questions biologiques très diverses :

Séquençage des ARN messagers (ouvre un nouvel onglet)

Plusieurs kits sont à disposition pour séquencer les ARNm en fonction de la quantité d’ARN disponible. Le kit Illumina Stranded mRNAprep pour séquencer les ARNm est utilisé en routine. Pour des quantités plus faibles, et pour vos demandes spécifiques, nous proposons une gamme plus large de kits (voir tableau ci-dessous).

ARN ciblés	Kit	Quantité	Volume	Contrôles qualité à faire par le client
ARNm	Stranded mRNA (Illumina)	25 ng à 1μg d’ARN total	25 µl	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer
ARNm	Ultra II Directionnal RNA library (NEB)	10 à 1 µg d’ARN total	50 µl	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer
ARNm	Smartseq V4 (Takara) + Nextera XT (Illumina)	10 pg à 10 ng d’ARN total	9,5 µl max	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer

Séquençage d’ARN dégradés ou issus de tissus FFPE

Pour l’étude des ARNs dont la qualité est compromise, notamment ceux issus de la microdissection laser ou des tissus FFPE, iGenSeq propose deux types de prestation, en fonction de la qualité de matériel disponible :

ARN ciblés	Kit	Quantité	Volume	Contrôles qualité à faire par le client
ARN dégradés	QuantSeq 3′ mRNA-Seq Lib Prep Kit FWD (Lexogen)	300 ng	10 µL	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer
ARN dégradés	SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 – Pico Input Mammalian (Takara)	0,25 à 10 ng	8 µL	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer

Séquençage ARN avec déplétion globines et ribosomes

Les échantillons issus de prélèvements sanguins sont abondamment riches en ARN de globines. Pour étudier les ARN issus de ces prélèvements, il est indispensable de retirer ce type d’ARN messagers avant de préparer les librairies pour ces échantillons. La plateforme propose ce service couplé à la déplétion des ARN ribosomaux pour l’étude des ARN longs non codants ne possédant pas de queue polyadénylée :

ARN ciblés	Kit	Quantité	Volume	Contrôles qualité à faire par le client
ARN total sauf ARN des globines et des ribosomes	Ribo-Zero Globin + TruSeq Stranded Total RNA (Illumina)	1 ng à 1 μg d’ARN total	11 µl max	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer

Séquençage des petits ARN

Pour étudier les petits ARNs impliqués dans la régulation post-transcriptionnelle de l’expression des gènes, nous proposons les kits suivants selon l’origine de l’échantillon :

ARN ciblés	Kit	Quantité	Volume	Contrôles qualité à faire par le client
microARN (cellules ; tissus)	Qiaseq miRNA Library (Qiagen)	1 ng à 500 ng d’ARN total	5 µl	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer
microARN (serum ; plasma)	Qiaseq miRNA Library (Qiagen) *	5 µl d’ARN**	5 µl	Qubit / Nanodrop + Bioanalyzer

*Utiliser le kit d’extraction compatible aux échantillons plasma/sérum miRNeasy Serum/Plasma

** Éluer 5 µL d’ARN à partir de 200 µl de sérum ou plasma

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